Sekcia územného plánovania má na starosti plánovanie územného rozvoja mesta. Vypracováva územný plán mesta, jeho aktualizácie a pracuje na tvorbe metodík územného plánovania pre špecifické potreby mesta. Pracuje tiež na urbanistických štúdiách a spolupracuje na iných koncepčných a strategických materiáloch mesta.
Pravidelne monitoruje a vyhodnocuje stav územia, či stav jednotlivých funkčných systémov.
Vytvára priestorové údaje za oblasť územného plánovania v geografickom informačnom systéme. V spolupráci s oddeleniami Magistrátu pripravuje územno-analytický podklad s pracovným názvom atlas5000 Bratislava, ktorý by prehľadným spôsobom sprístupnil užívateľom dáta z rôznych oblastí.
Taktiež poskytuje konzultačnú činnosť k zadaniam a k spracovaným územnoplánovacím podkladom a dokumentáciám spracúvaných inými subjektmi pre územie mesta a priľahlého regiónu vrátane vypracovania stanovísk k týmto zadaniam a dokumentáciám.
Pri svojej práci sleduje a vyhodnocuje zámery štátnej politiky a politiky EÚ v oblasti územného plánovania a regionálneho hospodársko-sociálneho rozvoja, sleduje legislatívu v oblasti územného plánovania.
Pracovníci a pracovníčky tejto sekcie sú jednotlivo uvedení pod svojimi oddeleniami.